Les thons sont des poissons migrateurs, se déplaçant en bancs serrés. Dès le IIème siècle avant J.C, les grecs connaissaient leurs périples, et les antiques procédés de pêche ont longtemps subsistés, notamment en Sicile et en Yougoslavie. En Provence, à la fin du XIXème siècle, l'approche des bancs de thons était encore annoncée à coups de trompe par des guetteurs; à la veille de la première guerre mondiale, la pêche au thon rouge était restée artisanale et réduite en Méditerranée, alors que la pêche au germon, modernisée vers 1850, prospérait dans le golfe de Gascogne.

Le premier thonier conçu pour la pêche au thon destiné aux conserveries fut construit en 1906. Dès 1930, quelques armateurs de St Jean de Luz s'équipèrent de bateaux à cales réfrigérées.

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Aujourd'hui, la pêche au thon est industrialisée et scientifique : marquage pour mieux connaitre les migrations, repérage des bancs par hélicoptères (abondonné en 1985), voire par satellite.